Kofi Annan ủng hộ Phó Tổng Thư ký Mark Malloch Brown, người đã công khai chỉ trích các phương tiện truyền thông Hoa Kỳ trong bài diễn văn đọc ngày 6 tháng 6 năm 2006: "Hiện nay đang thịnh hành chủ trương ngấm ngầm sử dụng Liên Hiệp Quốc như là một công cụ ngoại giao thay vì ủng hộ tổ chức này chống lại những chỉ trích từ bên trong... Bằng cách này hay cách khác, chúng ta có thể đánh mất LHQ". Người ta nói rằng Đại sứ Mỹ tại LHQ vào lúc ấy, John R. Bolton, đã nói với Annan trên điện thoại: "Tôi đã biết ông từ năm 1989 cho đến nay, tôi muốn bảo cho ông biết đây là sai lầm tệ hại nhất của một viên chức cao cấp LHQ mà tôi từng thấy suốt trong thời gian này."